Makanan laut merupakan salah satu jenis makanan yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat selain sebagai komoditi ekspor. Tingginya kandungan protein dan air serta pH-nya yang mendekati netral menjadikannya media yang cocok untuk pertumbuhan bakteri sehingga menyebabkan makanan laut cepat mengalami proses pembusukan. Mengkonsumsi makanan laut yang telah terkontaminasi bakteri hidup atau toksin yang dihasilkannya dapat menyebabkan keracunan makanan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui adanya kontaminasi bakteri koliform E.coli sebagai indikator pencemaran pada makanan laut dan memberikan informasi kelayakan dan keamanan konsumsi dari makanan laut di dua pasar tradisional terbesar di daerah Pontianak. Sampel yang digunakan adalah ikan, sotong dan udang. Penelitian terhadap sampel dilakukan menggunakan uji Most Probable Number (MPN) yang dilengkapi dengan uji biokimia untuk mengidentifikasi jenis bakteri pada sampel melalui penanaman bakteri pada media agar Lactose Broth (LB) dan Briliant Green Lactose Bile Broth (BGLB). Hasil penelitian menunjukkan bakteri koliform E.coli terdeteksi pada 100% sampel dengan nilai MPN yang tidak memenuhi kriteria kelayakan konsumsi, yakni >3/g, dengan nilai paling terbesar dimiliki oleh sampel sotong yang dijual di kedua pasar tradisional, yakni 220/g. Hasil uji biokimia menunjukkan sampel positif mengandung E.coli dengan terbentuknya cincin berwarna merah pada media uji.